Les propositions sont généralement évaluées par un comité d’évaluation composé d'experts externes indépendants. Dans des cas particuliers, le comité peut être composé tout ou partie par des représentants des institutions européennes. Le processus d'évaluation est conçu pour assurer la transparence et éviter les conflits d'intérêts.
Le processus standard compte 4 étapes :
- L’évaluation individuelle : 3 experts évaluent la proposition de manière individuelle. A noter que bien souvent, il y aura plus de 3 experts par proposition. Lors de cette étape le respect des conditions formelles d’éligibilité est vérifié puis les propositions sont évaluées sur la base de la capacité opérationnelle des proposants et des trois critères (excellence ; impact ; qualité et efficacité de la mise en œuvre) ;
- La réunion de consensus : tous les experts du panel ayant évalué la même proposition se réunissent pour arriver à un consensus sur les commentaires et les notes par critères ;
- Le « Panel Review » : l’ensemble des panels d’experts se réunit pour étudier toutes les propositions dans le cadre de l’appel à propositions. Ceci dans le but d’harmoniser les pratiques de notation entre panels d’experts. A l’issue de cette étape, les experts classent l’ensemble des propositions selon les notes obtenues. Des règles existent pour départager les dossiers ex-aequo, elles sont spécifiées dans les annexes générales du programme de travail ;
- La finalisation : la Commission Européenne revoit les résultats et valide le classement.
Dans le cas de la procédure de soumission de propositions en deux étapes, les candidats sont tenus de soumettre lors de la première étape une proposition uniquement en termes généraux (évaluée par rapport aux critères d'excellence et d'impact).
Les candidats retenus sont invités, pour la seconde étape, à soumettre une proposition complète (évaluée en fonction des trois critères d'attribution - excellence ; impact ; qualité et efficacité de la mise en œuvre).
Parmi les nouveautés du programme Horizon Europe, la Commission européenne entend introduire un changement dans la procédure d'évaluation afin d'assurer une plus grande interaction entre les proposants et le comité d'évaluation. C'est ce qu'on appelle le « droit de réagir » : une étape intermédiaire entre l'analyse de la proposition par les évaluateurs et la transmission du rapport d'évaluation final, dans lequel les proposants ont la possibilité de réagir par des commentaires dès réception des commentaires des experts-évaluateurs. Pour le moment, cette nouveauté est en phase d’expérimentation sur quelques appels.
A la fin de l'évaluation, tous les proposants sont informés du résultat et des raisons de la notation.