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Parmi les nouveautés d’Horizon Europe figurent les partenariats co-financés dont le « Driving urban transitions to a sustainable future » (DUT). Il s'appuie sur les réalisations de la JPI Urban Europe et vise à renforcer les efforts conjoints en faveur du développement urbain durable et le transfert des connaissances et des données.

Le partenariat européen « Zero-emission waterborne transport » (ZEWT) est un partenariat public-privé qui soutient les activités de recherche et d'innovation visant à démontrer des solutions à émissions nulles pour tous les principaux types de navires et services avant 2030, ce qui permettra un transport par voie d'eau à émissions nulles avant 2050. Il s’agit d’un partenariat nouvellement créé sous Horizon Europe pour la période 2021-2027.

Le partenariat sur le ciel unique européen (SESAR3 Joint Undertaking) est un partenariat public-privé qui soutient les activités de recherche et d'innovation dans le domaine de la gestion du trafic aérien. Le partenariat SESAR3 a été officiellement lancé en décembre 2021 et succède aux programmes précédents de la SESAR (pour « Single European Sky ATM Research ») depuis la création de la JU en 2007.

Le partenariat européen pour le rail (Europe’s Rail Joint Undertaking) est un partenariat public-privé qui soutient les activités de recherche et d'innovation visant à déployer un réseau ferroviaire européen intégré de grande capacité, flexible, multimodal et fiable. Le partenariat Europe’s Rail et a été officiellement lancé en mars 2022 et succède à l'entreprise commune Shift2Rail, dont les activités continueront jusqu’en 2024.

Le Partenariat pour l’Aviation Verte (Clean Aviation Joint Undertaking) est un partenariat public-privé qui soutient les activités de recherche et d'innovation dans les technologies vers l’aviation durable et neutre pour le climat en Europe. Le partenariat Clean Aviation et a été officiellement lancé en mars 2022 et succède à l'entreprise commune Clean Sky 2, dont les activités continueront jusqu’en 2024.

Le partenariat européen « Towards zero-emission road transport » (2Zero) est un partenariat public-privé qui soutient les activités de recherche et d'innovation visant à développer un transport routier à zéro émission. Ce partenariat succède aux partenariats European Green Cars (2009-2013) et European Green Vehicles (2014-2020).

Le partenariat européen « Connected, Cooperative & Automated Mobility » (CCAM) est un partenariat public-privé qui soutient les activités de recherche et d'innovation visant à développer un transport routier sûr et durable grâce à l’automatisation. Il s’agit d’un partenariat nouvellement créé sous Horizon Europe pour la période 2021-2027.

Le partenariat co-financé d’Horizon Europe, Water Security for the Planet (Water4All) vise à assurer la sécurité de l'eau pour tous à long terme en stimulant les transformations et les changements systémiques dans l'ensemble de la filière de recherche et d'innovation dans le domaine de l'eau, mais aussi en favorisant la mise en relation entre les acteurs qui font face aux enjeux de l’eau et des porteurs de solutions.

Partenariat co-programmé d’Horizon Europe, Built4People (B4P) vise à catalyser la transition vers un environnement bâti centré sur les personnes, neutre sur le plan climatique, durable et intelligent.

Le partenariat Circular Bio-based Europe Joint Undertaking (CBE JU) est un partenariat public-privé qui soutient les activités de recherche et d'innovation dans le domaine de la bioéconomie. CBE JU succède à son prédécesseur Bio-based Industries Joint Undertaking (BBI JU). CBE JU a été établi en 2021.